Разработка новых подходов к малоинвазивной диагностике и мониторингу опухолевого роста на основе генетических и эпигенетических изменений в неопластических клетках

Целью исследования является развитие новых стратегий для малоинвазивной диагностики нескольких форм злокачественных новообразований за счет использования новых типов эпигенетических и генетических маркеров для жидкостной биопсии, разработки методов их выявления, а также верификации возможности использования новых источников биомолекул - «локальных» биологических жидкостей организма. Объекты исследования – гинекологические опухоли, рак печени, желудка и глиобластомы. В работе используется широкий спектр современных молекулярно-биологических методов – выделение нуклеиновых кислот, бисульфитная конверсия, варианты полимеразной цепной реакции, таргетное высокопроизводительное секвенирование, биоинформатический и статистический анализ. Оптимизированы методы пробоподготовки, выделения и характеристики образцов циркулирующей ДНК (цДНК) из плазмы крови пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой (ГЦК). Идентифицированы новые специфические для ГЦК маркерные локусы. Разработан подход для анализа профиля метилирования локусов ДНК методом высокопроизводительного секвенирования. Идентифицированы новые диагностические маркерные сайты, разработаны методики анализа метилирования кандидатных маркерных локусов методом бисульфитного пиросеквенирования и метил-специфической ПЦР для диагностики гинекологических опухолей в аспиратах из полости матки. Показана высокая эффективность метода количественного анализа плавления ДНК c гибридизационными зондами (qDMA-HP), позволяющего количественно оценивать степень метилирования гена O6-метилгуанин-днк-метилтрансферазы (MGMT) в ДНК из парафиновых блоков глиобластомы. Разработаны или оптимизированы условия для пробоподготовки, выделения и квантификации экстраклеточных везикул (ЭКВ) из желудочного сока (ЖС) и маточных аспиратов (МА). Определены экзосомальные маркеры для верификации ЭКВ из ЖС и МА, определены референсные молекулы для нормализации результатов анализа микроРНК в ЭКВ. Создана коллекция образцов плазмы крови от больных ВЭБ-ассоциированной и ВЭБ-неассоциированной формой рака желудка, а также здоровых доноров, оптимизирован метод определения концентрации специфических фрагментов вирусной ДНК в образцах плазмы крови больных.