Системная биология и биоинформатика: реконструкция, анализ и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции генных сетей человека, животных, растений и микроорганизмов

Цель проекта – реконструкция, анализ и моделирование структурно-функциональной организации сетей человека, животных, растений и микроорганизмов на основе методов биоинформатики и системной компьютерной биологии. Объекты исследования – геномы, гены, белки, метаболиты, генные сети, клетки, ткани, органы, организмы. Разработаны новые методы, программное обеспечение и вычислительные конвейеры для решения задач биоинформатики и системной компьютерной биологии. На их основе получены новые знания в таких направлениях, как: оценка влияния мутаций в промоторах на экспрессию генов; выявления регуляторных мотивов, контролирующих экспрессию генов, на основе данных ChIP-Seq экспериментов; выявление молекулярных маркёров (генов, полиморфных локусов и процессов) предрасположенности к заболеваниям на основе анализа больших геномных и транскриптомных данных; реконструкция, компьютерный анализ и моделирование генных сетей и их компонент – метаболических путей и путей передачи сигналов; автоматическое извлечение знаний о генных сетях из текстов научных публикаций и фактографических баз данных; исследование закономерностей молекулярной эволюции генных сетей; компьютерный дизайн новых фармакологических молекул с заданными свойствами; компьютерная биология развития и морфометрия растений. В рамках проекта в 2023 году опубликовано 33 статьи, из них в системе WoS индексировано 30 статей (Q1 – 10 статей, Q2 – 4, Q3 – 14, Q4 – 2), в системе Scopus – 31 и в РИНЦ – 18. Другие обязательства по проекту на 2023 год также выполнены.