Разработка быстрого и эффективного алгоритма твердотельной оптимизации молекулярных комплексов

В Проекте мы разработали новый алгоритм численной оптимизации для уточнения структур молекулярных комплексов различных типов. В частности, мы рассмотрели задачу оптимизации, как расчет квазистатических траекторий движения твердых тел в силовом поле, и ввели концепцию области продвижения, которая гарантирует перемещение молекулы в строго заданной области конформационного пространства. Область продвижения помогает избежать типичных "ловушек" минимизации по многоэкстремальному пространству, поэтому алгоритм подходит для работы с произвольными энергетическими функциями и произвольными типами молекулярных комплексов без необходимой настройки его гиперпараметров. Разработанный метод, Carbon, особенно полезен для крупномасштабной молекулярной оптимизации в задаче молекулярного докинга белковых комплексов. Полученные результаты опубликованы в журнале Journal of Computational Chemistry, а программная реализация метода Carbon доступна для научного сообщества.