I.33П Многоуровневое моделирование молекулярной динамики мезоскопических биомолекулярных систем с использованием массивно-параллельных гетерогенных супер-ЭВМ. (0065-2015-0113)

Изучение эффективности расчета молекулярной динамики на различных компьютерных системах, в том числе гомогенных кластерах на процессорах архитектур x86_64 и MIC, и кластеров с использованием графических ускорителей. В качестве базы для реализации будет использован программный пакет Gromacs последней версии. Будет проведено исследование влияния параметров компиляции (в том числе выбор компилятора) на скорость расчета молекулярной динамики. Также будет проведен анализ влияния на скорость расчета параметров запуска задачи, таких как: частота обновления списка взаимодействующих пар атомов, частоты корректировки движения центра масс системы и др. Эти параметры очевидным образом влияют на частоту синхронизации данных между процессами и их увеличение должно приводить к увеличению производительности, особенно, в гетерогенных системах. Поэтому будет проведен анализ влияния этих параметров на точность расчетов с целью выбора оптимального значения из соотношения эффективность/точность.