РИД
№ 623030700037-9КОМПЬЮТЕРНАЯ ПРОГРАММА ДЛЯ ОБРАБОТКИ ФАЙЛОВ АННОТИРОВАННЫХ ДНК-ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
07.03.2023
Программа предназначена для экстракции последовательностей генов, и отдельно экзонов и интронов генов в соответствующие файлы, особо выделяя гены белков, из GBK файлов. GBK – это стандартный формат данных файлов аннотированных ДНК-последовательностей, разработанный US National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. Создан в 1982 как часть NIH GenBank project. Программа разработана как универсальный инструмент по отношению к GBK файлам любых организмов. Она обеспечивает выполнение следующих функций: поиска генов, отдельно экзонов и интронов генов с обозначением координат этих единиц в геноме организма, а также существенного ускорения поиска за счет распараллеливания алгоритма. Программа может применяться в биоинформатике для получения всех генных (интронов и экзонов) последовательностей в любых геномах на локальных компьютерах с существенным ускорением процесса, а также как часть серверного инструмента для внедрения при создании онлайн-ресурса для обработки биоинформатических данных.
Тип ЭВМ. IBM PC совместимый
Язык программирования. C#
Вид и версия операционной системы. Microsoft Windows 2007/2010
Объем программного комплекса: 272 Kb
ГРНТИ
34.03.23 Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
Ключевые слова
биоинформатика
поиск
экзон
интрон
аннотированные ДНК-последовательности
Геном
Детали
НИОКТР
Тип РИД
Программа для ЭВМ
Сферы применения
Поиск генных (интронов и экзонов) последовательностей в любых геномах на локальных компьютерах с существенным ускорением процесса; может быть использована как часть серверного инструмента для внедрения при создании онлайн-ресурса для обработки биоинформатических данных.
Ожидается
Исполнитель
Исполнители
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР "Пущинский научный центр биологических исследований Российской академии наук"
Заказчик
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Похожие документы
Программа для оценки количественных характеристик геномных последовательностей
0.907
РИД
Графический интерфейс для аннотирования геномных последовательностей эукариот
0.895
РИД
Программа автоматизированного извлечения и анализа структурированных данных с веб-ресурсов нуклеотидных последовательностей ДНК и РНК
0.874
РИД
Программа для поиска в полногеномных нуклеотидных последовательностей микроорганизмов вариабельных по размеру участков и формирования базы данных
0.873
РИД
Программа для экстракции рибосомальных РНК
0.873
РИД
Fragment Extractor
0.872
РИД
Программа для демультипликации FASTQ файлов на основе генетических баркодов (fastq_demultiplexer)
0.872
РИД
Программа для получения и парсинга genbank файлов из базы данных NCBI
0.871
РИД
Автоматизированная сборка и аннотация прокариотических геномов
0.870
РИД
Программа для ЭВМ "AmpliSep"
0.868
РИД