Графовые нейронные сети для предсказания вторичных структур ДНК

«Графовые нейронные сети для предсказания вторичных структур ДНК» Программа GraphZ представляет собой три модуля, осуществляющих обучение, тестирование различных графовых сетей на основе подготовленных данных, а также отрисовывает дополнительные графики (ROC-, PR- и F1 score кривые). На вход программа получает геном организма, а также, преобразованные в формат sparse vector, результаты chip-atlas экспериментов. Также необходимо вручную указать параметры модели и баланс классов тренировочного датасета. В ходе работы модель обучается на тренировочной выборке (первый модуль), а затем тестируется на полном геноме (второй модуль). В третьем модуле можно отрисовать графики ROC-, PR- и F1 score кривых на необходимом датасете. Работа проводилась в рамках работ по гранту на реализацию программы Исследовательского центра в сфере искусственного в целях достижения результата федерального проекта «Искусственный̆ интеллект» национальной̆ программы «Цифровая экономика Российской Федерации» (Договор от «2» ноября 2021г No 70-2021-00139), в рамках направления исследования «Искусственный интеллект в биоинформатике», мероприятие плана «Разработка и верификация алгоритмов для предсказания вторичных структур ДНК. Этап 2». Тематика программы центра: «Развитие методик и технологий прикладного искусственного интеллекта» Тип ЭВМ: IBM-PC совместимый ПК Язык: Python Вид и версии операционной системы: Mac OS X 10.11 or higher, Linux Ubuntu 16.04 or higher Объем программы для ЭВМ: 20 Кб