РИД
№ 625011602979-8Программа для анализа связей коррелирующих генов
16.01.2025
Аннотация: Данная программа позволяет выявлять наиболее центральные узлы в графе коэкспрессируемых генов по различным метрикам. Выводится также общая информация о графе. Код может быть полезен для исследования взаимосвязи генов и их влияния на различные биологические процессы. С помощью данной программы можно выявить гены, которые могут активнее других участвовать в транскрипционной регуляции.
Область применения: программа позволяет выявить центральные узлы в графе коррелирующих генов, например, гены, коррелирующие с наибольшим количеством других генов. Центральные гены могут быть важными регуляторами или важными мишенями транскрипционной регуляции.
Функциональные возможности программы: программа собирает информацию о корреляции генов из файлов с коррелирующими генами. Скрипт использует библиотеки pandas, networkx, matplotlib и xlsxwriter для работы с данными, построения графа, визуализации и вывода результатов. Центральность узлов вычисляется по различным метрикам. Для больших графов программа может работать значительно дольше. Полученные данные могут быть использованы для поиска генов участников различных биологических процессов.
ГРНТИ
34.15.25 Молекулярная биология гена
34.23.17 Биохимическая генетика
Ключевые слова
граф коэкспрессируемых генов
библиотеки pandas
networkx
matplotlib и xlsxwriter для работы с данными
Детали
Тип РИД
Программа для ЭВМ
Сферы применения
программа позволяет выявить центральные узлы в графе коррелирующих генов, например, гены, коррелирующие с наибольшим количеством других генов. Центральные гены могут быть важными регуляторами или важными мишенями транскрипционной регуляции
Ожидается
Исполнитель
Исполнители
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Заказчик
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Похожие документы
Программа для оценки геномной колокализации коэкспрессируемых генов
0.897
РИД
Система интегрированного анализа транскрипционной и пост-трансляционной регуляции
0.853
РИД
Программа оценки статистической значимости корреляций на уровне функциональной сети
0.849
РИД
Программа для быстрого анализа представленности метаболических путей по упорядоченному списку генов с весами
0.843
РИД
Программа для аттрибутирования графов генной сети при ее расширении в распределенной вычислительной системе
0.838
РИД
Программа для выявления новых генов, которые могут быть связаны с известными функциональными группами генов
0.838
РИД
Программа для определения потенциальных биологических свойств малоизученных генов человека
0.833
РИД
Программа для анализа эпигенетических маркеров в областях функциональных полиморфизмов генома человека
0.830
РИД
Программа для поиска обогащенных сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторах дифференциально экспрессирующихся генов ( ОСДЭГ ) / Software tool to search enriched transcription factor binding sites in promoters of differential expressed genes (ESDEG)
0.827
РИД
Программа для оценки обогащённости функциональными взаимодействиями экспериментальных наборов генов (ФанДжинНет)/Program to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets (FunGeneNet)
0.822
РИД