Геномный и транскриптомный мета-анализ опухолей различных локализаций: идентификация драйверных нарушений, потенциальных мишеней для таргетной терапии и факторов оценки её эффективности (итоговый)

Цель: разработка и/или модернизация программного комплекса для анализа данных экзомного и транскриптомного секвенирования, метиломного профилирования и поиска взаимосвязей между транскриптомными, эпигентическими изменениями и возникновением мутаций. В программный комплекс входят четыре элемента: CrossHub (https://sourceforge.net/projects/crosshub/) - анализ данных The Cancer Genome Atlas/TCGA, поиск дифференциально экспрессируемых и дифференциально метилируемых генов, идентификация мишеней микроРНК и ТФ, анализ изменений экспрессии и метилирования генов в зависимости от драйверных мутаций, идентификация группы CIMP-подобных опухолей; RTrans (https://github.com/gskrasnov/RTrans) - анализ данных по экспрессии генов (в том числе импортируемых из CrossHub) в контексте функциональной значимости транскриптомных изменений; PPLine (https://sourceforge.net/projects/ppline) - автоматизированный пайплайн для анализа данных транскриптомного и экзомного секвенирования - поиск мутаций, оценка экспрессии генов, сплайс-форм; MethyMer (https://sourceforge.net/projects/methymer) - подбор комбинаций пар праймеров для таргетного секвенирования протяженных областей генома, в том числе после бисульфитной конверсии. Для 15 видов рака проведен анализ профилей метилирования, и для 11 из них выделена подгруппа CIMP-подобных образцов с усиленным метилированием промоторных областей. Выявлена взаимосвязь между развитием CIMP-подобного фенотипа и появлением драйверных мутаций.