Вычислительные методы для системной биологии

Целью проекта является разработка набора вычислительных методов и программных средств для системной биологии. Задачи: Разработка вычислительных методов анализа и интерпретации транскриптомных и других омиксных данных. Разработка программных средств для работы с открытыми экспериментальными данными. Разработка подходов к решению алгоритмических, возникающих при разработке вычислительных методов анализа и интерпретации транскриптомных и других омиксных данных. В результате выполнения проекта необходимо получить: Сетевой метод для изучения регуляции метаболизма, позволяющий интегрировать омиксные данные и специфические метаболические характеристики (баланс массы и термодинамические ограничения). Фреймворк сетевых методов для интерпретации биологических данных для различных сетевых структур и типов данных. Метод совместного эмбэдинга профилей экспрессии генов и тегов метаданных образцов. Пайплайн для предсказания неоэпитопов для персонализированной иммунотерапии рака. Метод поиска скоррелированных подграфов путем интеграции методов матричной факторизации и методов оптимизации на графов.