Разработка алгоритмов для специальных задач сборки геномов

Актуальность темы исследования. Большое количество биологических исследовательских задач требует знания геномной последовательности изучаемого организма. Появление в 2010-х так называемых секвенаторов третьего поколения поз­воляет получать длинные геномные последовательности (десятки тысяч нуклео­тидов). Одним из частых подходов к использованию данных секвенирования третьего поколения является совместная сборка их и данных секвенирования второго поколения — гибридная сборка. Этой задаче посвящена часть данной работы. Часто исследователям интересен не весь геном изучаемого организма, а какая-то его часть, например плазмиды в бактериальных геномах Их сборке посвящена остальная работа. Научная новизна. В представленной диссертации представлены новые методы для специальных задач сборки геномов - гибридной сборки и сборки плазмид в геномных и метагеномных данных. Данные методы были реализованы в качестве программных продуктов, было показано что их результаты превосходят существующие альтернативы