Развитие методов вычислительной геномики для работы с большими данными секвенирования второго и третьего поколений

Появление методов секвенирования нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS) произвело революцию в вычислительной биологии и биоинформатике. За последнее десятилетие было разработано множество инструментов, методов и алгоритмов для эффективной обработки, анализа и преобразования больших объемов данных, полученных с применением технологий NGS. Целью проекта является разработка эффективных методов, подходов, алгоритмов и программных продуктов для сборки и анализа геномных данных, полученных технологиями секвенирования третьего поколения, а также для широкомасштабного анализа существующих данных, депонированных в репозиториях. В рамках данного проекта предлагается адаптировать, усовершенствовать и расширить алгоритмы и методы, уже разработанные в рамках фреймворка ассемблера SPAdes (разработанного и поддерживаемого в СПбГУ), распространив их на анализ данных TGS и на анализ больших данных из существующих нуклеотидных репозиториев.