РИД
№ 623042700037-2Программа для объединения и выравнивания нуклеотидных последовательностей NucleoCom
27.04.2023
Программа предназначена для объединения различных фрагментов нуклеотидных последовательностей (молекулярных маркеров) для операционных таксономических единиц (OTU) из пересекающихся списков в единый файл с последующим выравниванием по алгоритму MAFFT. С помощью программы решается проблема автоматизации рутинных операций объединения последовательностей с различными наименованиями одних и тех же OTU для разных молекулярных маркеров, а также оперативное изменение состава OTU и молекулярных маркеров в результирующем файле. Входные файлы: файл csv-формата с названиями последовательностей, fasta-файлы, содержащие последовательности. Выходной файл содержит объединенные последовательности (могут быть выравнены по запросу пользователя). Тип ЭВМ: IBM PC - совмест. ПК; ОС: Windows 8-11.
ГРНТИ
20.53.19 Средства обработки и поиска информации
Ключевые слова
виртуальная лаборатория
обработка и анализ данных
биоразнообразие
биоклиматическое моделирование
цифровая инвентаризация биоты Алтая
система обработки больших объемов данных
машинное обучение
искусственный интеллект
Детали
НИОКТР
Тип РИД
Программа для ЭВМ
Сферы применения
Основными пользователями программы являются биологи и экологи, сотрудники заповедников, осуществляющие мониторинговые исследования популяций.
Ожидается
Исполнитель
Исполнители
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "АЛТАЙСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ"
Заказчик
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Похожие документы
Программа для объединения и выравнивания нуклеотидных последовательностей NucleoCom
0.980
РИД
Программа для кластеризации метагеномных последовательностей
0.867
РИД
Таксономический классификатор данных метагеномного секвенирования
0.845
РИД
КОМПЬЮТЕРНАЯ ПРОГРАММА ДЛЯ ОБРАБОТКИ ФАЙЛОВ АННОТИРОВАННЫХ ДНК-ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
0.842
РИД
Программа для поиска в полногеномных нуклеотидных последовательностей микроорганизмов вариабельных по размеру участков и формирования базы данных
0.841
РИД
Автоматизированный анализ состава микробных сообществ по данным высокопроизводительного секвенирования маркерных генов с помощью пакета Microeco
0.838
РИД
Программа для оценки количественных характеристик геномных последовательностей
0.835
РИД
Кластеризация геномных последовательностей и визуализация геномных расстояний
0.835
РИД
Автоматизированная сборка и аннотация прокариотических геномов
0.831
РИД
Программа для метагеномного анализа прокариотических сообществ на основе секвенирования вариабельных регионов 16s рРНК “TaxonList”
0.830
РИД