Высокопроизводительная цепочка анализа метагеномов в EBI на базе инструментов семейства SPAdes

Проект направлен на модификацию и адаптацию метагеномного сборщика metaSPAdes с целью использования в высокопроизводительной цепочке анализа метагеномов в EMBL-EBI. Основными задачами проекта являются: анализ и модификация алгоритмов SPAdes и metaSPAdes с целью запуска на вычислительном кластере EMBL-EBI; определение оптимальной конфигурации вычислительного кластера и параметров алгоритмов SPAdes и metaSPAdes с целью наилучшего использования ресурсов вычислительного кластера при запуске metaSPAdes в составе аналитической цепочки сборки и анализа метагеномов EBI; разработка новой аналитической цепочки сборки метагеномов EBI; пересборка и анализ метагеномов и метатранскриптомов из ENA. Результаты проекта позволят не только улучшить аналитическую цепочку анализа и сборки метагеномов в EMBL-EBI, но и получить реализации сборщиков SPAdes, metaSPAdes и rnaSPAdes, способные эффективно использовать ресурсы высокопроизводительных вычислительных кластеров, что позволит существенно сократить использование вычислительных ресурсов для сборки геномов, метагеномов и метатранскриптомов.