Программа моделирования аминокислотных замен и посттрасляционных модификаций в трехмерных структурах белков

06.12.2023

Программа предназначена для моделирования трехмерной конформаций боковых цепей белков для канонических и неканонических аминокислотных остатков. Моделирование конформаций боковых цепей белков позволяет получать трехмерные модели белковых структур, образующихся в результате аминокислотных замен и посттрасляционных модификаций. Программа позволяет: –создавать библиотеки ротамеров для канонических и неканонических аминокислотных остатков. Библиотеки ротамеров (сокращение от англ. «rotational isomer») представляют собой низкоэнергетические конформации боковых цепей, представленных в виде набора значений двугранных углов для каждой степени свободы; –моделировать положение боковых цепей модифицированных белков с использованием алгоритмов, основанных на физической модели белка. В Программе реализовано четыре алгоритма моделирования.

ГРНТИ

34.15.15 Пространственная структура и свойства биополимеров

31.27.15 Структура и функции биополимеров

20.23.25 Информационные системы с базами знаний

28.23.29 Программная реализация интеллектуальных систем

Ключевые слова

Моделирование белковых цепей

аминокислотная замена

посттрасляционная модификация

библиотека ротамеров

Детали

НИОКТР

№ 122092200056-9

Тип РИД

Программа для ЭВМ

Сферы применения

Разработанная программа применяется в проекте, посвященному изучению структурных мотивов белков; для развития экспериментальных методов обнаружения и классификации структурных мотивов с использованием нейроморфных технологий; для создания оригинальной базы данных структурных мотивов; и программной реализации сервисов для проведения молекулярно-динамических исследований структурных мотивов белков канонических и аберрантных форм. Переход от целых белков к автономным и стабильным структурным мотивам обеспечит прорыв в методах молекулярно-динамического моделирования, посредством кардинального снижения вычислительной сложности симуляции и повышения производительности структурного анализа, открывает новые возможности и перспективы применения молекулярно-динамического моделирования для решения широкого спектра фундаментальных (изучение процессов «фолдинга») и прикладных задач (изучение конформационных изменений изоформ и аберрантныхформ белков).

Ожидается

Исполнитель

Исполнители

Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича"

Заказчик

МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Похожие документы

Программа для определения структуры биомакромолекулярных комплексов методами интегративного моделирования с использованием карт электронной плотности низкого разрешения

0.914

РИД

Программа поиска и выравнивания белковых структур с использованием нейронной сети и структурного алфавита

0.909