Программа поиска и выравнивания белковых структур с использованием нейронной сети и структурного алфавита

Программа предназначена для индексации, поиска, структурного выравнивания и сегментации трехмерных белковых структур в открытых (общедоступных) базах данных по их топологическим характеристикам с использованием технологии искусственных нейронных сетей. Программа позволяет осуществлять: –обучение нейронной сети на данных, представленных в общедоступных репозиториях белковых структур ProteinDatabase, AlphaFold и т.п.; –отображение белковых структур в последовательности структурного алфавита из 23 прототипов; –построение индексированных баз данных для последовательностей структурного алфавита; –построение статистических матриц замен структурного алфавита для поиска и структурного выравнивания последовательностей алфавита; –быстрый поиск белковых структур произвольной длины по последовательностям структурного алфавита с использованием статистических матриц; –попарное выравнивание и наложение структур в результатах поиска; –расчет метрик статистической значимости структурного сходства. Программа предоставляет открытый интерфейс для взаимодействия со сторонними приложениями, которые реализуют функции поиска и выравнивания структур в общедоступных базах данных и обеспечивают оценку статистической значимости их структурного сходства.